رئيس دير البراموس وُلد بقرية دير ناسا التابعة لمركز البداري بمحافظة أسيوط سنة 1855م، وترهب في دير البراموس ثم رسمه البابا كيرلس الخامس سنة 1878م قمصًا ورئيسًا لدير البراموس، واستمر ما يقرب من عشرة سنوات يدير الدير بهمةٍ ونشاطٍ. مطران البحيرة وفي سنة 1887م رُسِم مطرانًا للبحيرة باسم الأنبا يوأنس، وأضيفت إليه المنوفية بعد وفاة مطرانها. ثم عين وكيلاً للكرازة المرقسية واهتم بأن يكون بكل كنيسة جديدة أوقافًا خاصة للصرف من ريعها عليها، وضم أطيانًا للبطريركية بالإسكندرية. كما اهتم بالعلم والتعليم بالإسكندرية، فأصبحت المدارس المرقسية الكبرى من أكبر المدارس بالثغر. بابا الإسكندرية بعد نياحة البابا كيرلس الخامس صار الأنبا يوأنس قائم مقام بطريرك، وبعد أن أصدر المجمع المقدس قرارًا بجواز ترقية المطران إلى رتبة الباباوية تم تجليس البابا يوأنس التاسع عشر سنة 1929م.

بعثات لليونان وقد أنشأ البابا يوأنس مدرسة للرهبان بحلوان، وتشجيعًا لطلبتها أرسل النابغين منهم إلى مدرسة ريزا ريوس ببلاد اليونان في بعثة تعليمية، وكان من بينهم القمص أقلاديوس الأنطوني الذي رُسِم مطرانًا لجرجا وبطريركًا فيما بعد باسم البابا يوساب الثاني. اهتمامه بإثيوبيا كما اهتم بأثيوبيا ورسم لها الأنبا كيرلس مطرانًا، كما رسم لها خمسة أساقفة، وقد زار البابا أثيوبيا سنة 1930م. وقام البابا يوأنس أيضًا بعمل الميرون المقدس واهتم بزيارة الأديرة وخصوصًا دير البراموس. ندمه لقبوله منصب البطريركية بعد أن جلس البابا يوأنس على كرسي مارمرقس أخذ يساوره شيء من الندم والأسى لقبوله منصب البطريركية، إذ كان يرى في نفسه أنه ليس أهلاً لها وأنه خالف القوانين التي تحرم على الأسقف أن ينتقل من كرسي إلى آخر.

ولكثرة هذه نام ذات ليلة فرأى في حلم جماعة بثياب البادية يهاجمونه بقيادة رجل أثيوبي، فالتفت إليهم مذعورًا وهو يقول: "أتتحد مع أعدائي محاولاً قتلي وأنت من أولادي؟" وإذا بالأثيوبي يقول له: "وأنت لماذا تركت مكانك الأول وجئت لتجلس على كرسي مارمرقس الرسول؟" عندئذ استيقظ البابا مضطربًا وكاد يسقط من سريره. في عهده وقعت الحرب بين إيطاليا وأثيوبيا في سنة 1935م وانتهت باستيلاء إيطاليا على البلاد وانقطعت صلة الكرسي المرقسي بها، ولكن الحرب العالمية الثانية التي نشبت في 3 سبتمبر سنة 1939م كان من نتائجها أن أعيد إلى أثيوبيا استقلالها، وشاهد البطريرك بعينيه قبيل نياحته رجوع مطران أثيوبيا إلى كرسيه، وعودة كنيسة أثيوبيا إلى أحضان أمها كنيسة الإسكندرية. وأخيرًا تنيّح البابا يوأنس في سنة 1942م.