اضطهادات شديدة كان راهبًا بدير شهران (الأنبا برسوم العريان حاليًا)، وكان رئيسًا له ويُدعى يوحنا بن قديس. وعندما اُختير للبطريركية كان يُلَقَّب بابن القديس والمؤتمن. وقد سيم أيام الملك الناصر محمد بن قلاوون الذي كان عهده عهد شؤم وكارثة كبرى على الأقباط. كما حدث في أيام رئاسة هذا البابا اضطهادات شديدة على الأقباط حتى ضجروا مما فُرِض عليهم من العوايد العديدة وسوء المعاملة، وشدة الاضطهاد بزعامة أحد وزراء المغرب الذي أتى إلى مصر بقصد إتمام فريضة الحج، فلم يرِق له أن القبط يتولّون أمور البلاد المالية، فحرَّض الأمراء على إذلال المسيحيين في البلاد بكافة الوسائل المؤدية إلى اضطهادهم بطرق تأباها الإنسانية.

قد حدث في زمانه أن كنائس القاهرة أُغلقت عدة أيام، وظلت مغلقة لمدة قصيرة وأن الأديرة الموجودة في الضواحي وغيرها لم تُمَس بسوء فضلاً عن كنائس الأقاليم، ولكن إذا انتقلنا إلى الإسكندرية وجدنا أنه حين وصلت الأوامر إليها بدأت في هدم الكنائس ومنازل النصارى. قضى البابا يوأنس على الكرسي الرسولي ما يقرب من 20 سنة كانت كلها مفعمة بالأحزان وشديدة الوطأة عليه وعلى أبنائه المسيحيين، حتى أراحه الله من متاعب هذه الحياة ومشقات الاضطهاد وانتقل في 29 مايو سنة 1320م ودُفِن بدير شهران في أيام الملك محمد بن قلاوون.