انقضت فترة طويلة جدًا منذ نياحة البابا ميخائيل الرابع سنة 1477م دون الاتفاق على رأي واحد لاختيار البابا الجديد، واستمر الخلاف حوالي ستة وعشرين شهرًا أيضًا، وأخيرًا اتفقت الآراء تقريبًا على اختيار راهب من دير المحرق باسم يوحنا ليعتلي السدة المرقسية.

العجيب أن خدمته لم تدم طويلاً إذ قضى ما يقرب من 40 شهرًا فقط رأسًا للكنيسة المجاهدة دخل بعدها إلى كنيسة الأبكار، وظل المقر البابوي كما هو في كنيسة العذراء بحارة زويلة ودفن في دير شهران. ولم تواجهه متاعب ولا ضيقات من جانب الأمراء المماليك ولا غيرهم إذ كانوا منشغلين في أمورهم ومتناحرين على المناصب في زمن قايتباي. مما يذكر عن هذا البابا الجليل أنه أهدى كتاب "الطب الروحاني" إلى الأنبا إبرآم الذي ترأّس حفل رسامته.