حالة قلق وعدم استقرار لم تكن الضيقة التي حلّت بالكنيسة في أواخر أيام البابا غبريال السابع سببًا في انتقال البابا فقط، ولكن أيضًا سببًا في حالة القلق وعدم الاستقرار التي ألمَّت بالقبط في مصر. وبالتالي ظل الكرسي البابوي شاغرًا ما يزيد على ثلاثين شهرًا، بعدها اختاروا الراهب "يوحنا المنفلوطي" من دير العذراء "البرموس" ليصبح البابا يوأنس الرابع عشر، السادس والتسعين من باباوات الإسكندرية، وكانت رسامته في 17 إبريل سنة 1571م في عهد سلطنة سليم الثاني العثماني. من مآثر هذا البابا المختبر محبة الله أن مراسيمه البابوية كانت تحمل عبارة "الهدى بالله الهادي" بجوار توقيعه وتحتها يكتب عبارة "الخلاص للرب إله الخلاص". ملابس سوداء قد قام البابا الوقور كثير الأيام برحلة رعوية إلى سائر كنائس بلاد مصر والشعب القبطي لرعايتهم وجمع الجزية المفروضة على الكنيسة.

وقد قام بزيارتين مماثلتين بعد ذلك عندما اشتد الضيق على الكنيسة، خصوصًا بعد أن أصدر السلطان العثماني لولاته في مصر فرمانًا عاليًا بالتشدد في أن يلبس القبط جميعًا الملابس السوداء وأيضًا العمامة السوداء، وكان رد فعل السماء عجيبًا إذ تفشى في العباد مرض الطاعون الذي حصد الكثيرين من غير القبط، فلبس الجميع الملابس السوداء الأقباط بالأمر العالي وغيرهم حزنًا على موتاهم. طلب الانضواء تحت كرسي روما انتهز البابا الروماني إكليمنضس الثامن Clement VIII فرصة الضيق الذي حل بالقبط وطلب إلى البابا السكندري الانضواء تحت كرسي روما، ولم يَبِتّ البابا في الأمر بشكل حاسم، ربما لأنه كان يميل إلى وضع اتفاق مع بابا روما بسبب بساطته وشيخوخته وميله لحماية أولاده من الضيق الشديد، لكن الأساقفة عارضوه بشدة. انتقل البابا إلى كنيسة الأبكار دون أن يلبي للبابا الروماني طلبه.

ادعى بعض المؤرخين الكاثوليك بأن البطريرك مات مسمومًا، غير أن كثير من المؤرخين الغربيين ينفون ذلك. دفن في "برما" ثم نقل جسده إلى دير السريان في برية شيهيت، وكانت نياحته سنة 1586م في أيام سلطنة مراد الثالث العثماني. قام والى مصر بالقبض على رسل أسقف روما كعيون غرباء، واتهمهم بالقاء دسائس الفتنة بين الرعايا، وسجنهم. رقّ لهم بعض كبار الأقباط ودفعوا خمسة آلاف قطعة من الذهب مقابل اطلاق سراحهم، ليعودوا إلى بلادهم فشكرهم سكتوس الخامس أسقف روما على نبل تصرفهم. شهداء النوبة قد كان ملوك النوبة حتى القرن السادس عشر مسيحيين خاضعين للسلطان المصري يدفعون له الجزية، ولكن بعد الفتح العثماني أخذت الحكومة المسيحية في بلاد النوبة تضعف تدريجيًا حتى حلت محلها حكومة إسلامية. اجتهدت في محو النصرانية من تلك البلاد، فكثر عدد الشهداء وأَسلم الكثيرون، ومن خلُص من الموت هاجر إلى مديرية أسوان واستوطنوا فيها، ومن بقي في بلاد النوبة صار في عاداته كالمسلم سواء، وهكذا زالت المسيحية من تلك البلاد. وفي أيّامه استشهد القديس يوحنا القليوبي.