سيامته بطريركًا بعد نياحة البابا ميخائيل الثاني سنة 849م، اجتمع الأساقفة والأراخنة للتشاور فيمن يخلف البابا الراحل، فألهمهم الروح القدس بانتخاب راهب في رتبة الشمّاسية اسمه قزما (قزمان) من دير الأنبا مقاريوس الكبير، فأخذوه لساعتهم إلى الإسكندرية حيث وضع عليه الأساقفة الأيدي، وسيم بطريركًا في 24 كيهك من نفس السنة التي توفي فيها سلفه.

مقر إقامته بعد رسامته بأيام قصد إلى الفسطاط ليتقابل مع الوالي، وكان في ديوان الولاية إذ ذاك قبطيّان اسم أحدهما مكاري وثانيهما إبرآم واشتهر كلاهما بالصلاح والتقوى، وكانت لهما حظوة لدى الوالي الذي أشار عليهما بتلبية جميع ما يطلبه البابا. ولما كان مكاري وإبرآم يرغبان في إبداء كل إجلال للبابا السكندري، فقد طلبا إليه أن يقيم في بلدة دميرة شرقي الفسطاط بدلاً من الإسكندرية ليكون قريبًا من مقر الولاية، فقبل طلبهما وقضى بها كل أيام باباويته. علاقته ببطريرك إنطاكية كان أول ما قام به البابا قزما الثاني بوصفه البابا المرقسي هو كتابة رسالة الشركة إلى أخيه في الخدمة الرسولية بطريرك إنطاكية، وقد عبَّرت هذه الرسالة عن وحدة الإيمان الأرثوذكسي الذي يربط بين الكنيستين، فجاءه الرد عليها يطفح مودة وإخلاصًا.

البابا والأيقونات وفي أيامه أمر قيصر الروم بمحو الأيقونات من الكنائس، فبعث إليه هذا البابا وناظره حتى أقنعه ورجع به إلى حسن الاعتقاد وأمر بإعادة الصور إلى ما كانت عليه. لقد سعد الأنبا قزمان وشعبه بالطمأنينة والسلام إذ كان الخليفة المتوكل يحسن معاملة رعاياه على اختلاف أديانهم. وفي وسط هذا الهدوء انطلق الأنبا قزما الثاني من أغلال هذا الجسد وانضم إلى أسلافه بعد سبع سنوات وسبع شهور قضاها على الكرسي المرقسي، وكانت نياحته في 21 هاتور سنة 576ش الموافقة 859م. قصة الكنيسة القبطية، الكتاب الثاني صفحة 435. تاريخ الكنيسة القبطية، صفحة 409.