اختياره للأسقفية جلس على كرسي روما خلفًا للقديس أنثيروس St. Antherus حوالي سنة 236م، ويقول يوسابيوس أن اختياره كان بإعلان إلهي إذ كان الإكليروس والشعب مجتمعين لاختيار الأسقف الجديد، فطارت حمامة واستقرت على رأس القديس فابيان. كانت هذه العلامة سببًا في إجماع الآراء على اختياره، مع أنه كان رجل علماني غريب عن المدينة ولم يفكر فيه أحد من قبل.

رعاية شعبه كان هذا الأب عالمًا صالحًا مجاهدًا، فأخذ يعلّم شعبه ويقوده في طريق الكمال. وقد قاد الكنيسة حوالي أربعة عشر عامًا، ومن أعماله أنه أحضر رفات القديس بونتيان St. Pontian الأسقف الشهيد من سردينيا Sardinia، وحَرَم بريفاتُس Privatus المبتدع الذي سَبَّب مشاكل للكنيسة. استشهاده قام القائد ديسيوس Decius على فيلبس الملك وقتله وجلس مكانه، وأثار على المؤمنين اضطهادًا شديدًا واستشهد على يديه كثيرون. شيّد هذا الملك هيكلاً عظيمًا وسط مدينة أفسس، ووضع فيه أصنامًا وذبح لها، ثم أمر بقتل كل من لا يذبح لها.

فلما بلغه أن القديس فابيانوس يعطّل عبادة الأوثان بتعاليمه للمؤمنين وتثبيتهم على الإيمان استحضره بأفسس وطلب منه أن يقدّم الذبيحة للأصنام، فلم يقبل بل سخر بأصنامه. فعاقبه بعقوبات شديدة مدة سنة كاملة، وأخيرًا قتله بالسيف فنال إكليل الشهادة سنة 250م، كما يشهد بذلك القديسان كبريانوس وجيروم. قال عنه القديس كبريانوس أنه كان شخصية فريدة وأن مجد استشهاده يعكس نقاوة وقداسة سيرته وحياته. السنكسار، 11 أمشير. Butler, January 20.