تنبأ البابا متاؤس قبل نياحته بمن سيعتلى الكرسي البابوي من بعده، ولكن في زمرة الأحزان التي سادت عند انتقاله وافتقادهم له نسي الجميع ما قاله، وتذكر الجميع غبريال المترهّب بدير أنبا صموئيل القلموني - المعترف - وتمّت رسامته باسمه ولُقِّب الخامس وذلك في سنة 1409م في ولاية السلطان فرج بن برقوق.

بدأ حياته موظفًا ثم مال إلى الرهبنة، وفاق أترابه في فضائلها، خصوصًا الزهد والتقشف في المأكل والملبس. وظل على حاله بعد أن صار بطريركًا. وقد اعتاد هذا البطريرك أن يزور أبناءه سيرًا على الأقدام في رضى وفرح. سيامة بطريرك إنطاكية من الأحداث الجديرة بالذكر في فترة حبريته، أن جاءه من إنطاكية كاهن اسمه باسيليوس بهنام بتوصية أن يرسمه البابا السكندري بطريركا لإنطاكية، وبالفعل تمّت الرسامة باسم مار أغناطيوس بهنام الأول وزوّده البابا الفقير بكل ما يحتاج إليه في سفره حتى دابته.

وساطته لدى أثيوبيا في مدة رئاسته فرغت خزينة البطريركية، فكان البابا يعتمد في قوته الضروري على أولاده. وكانت الكنيسة الأثيوبية قد قطعت معونتها للكنيسة المصرية في عهده. في عام 1418م دعاه مجلس الحكومة المصرية وهدّده بالموت إن لم يمنع الأثيوبيين الذين تحت سلطته من مضايقة التجار المسلمين النازلين في أثيوبيا، فكتب للملك بالرغم من معاناته من الاضطهاد الشديد في مصر.

رعايته لشعبه لم تكن زيارات البطريرك لشعبه إلا للرعاية والتثبيت على الإيمان المستقيم، وقد زوّد شعبه بكتابات كثيرة في الطقوس الكنسية، بكل دقة لكي يسلّموها للخلف دون تحريف ويفسّرونها لهم. بعد أن قضى في رئاسة الكهنوت حوالي ثماني عشرة سنة، انتقل إلى الأمجاد السمائية سنة 1427م ودفن بإكرام في كنيسة العذراء ببابليون الدرج في مصر القديمة.

نياحته ليس عجيبًا أن يؤرخ لتلك الفترة من غير القبط كثيرون، منهم الشيخ السخاوى الذي وصف لنا صورة ومشهد انتقال البابا غبريال ونقل صورة ناطقة لاختيار ورسامة البابا يوأنس الذي سمّاه "يونس"، وسمّاه أيضًا بلقب اليعقوبي والنصراني. كشف الأسرار في تاريخ البطاركة الأحبار (ج 2)، القس روفائيل فريد واصف..